Neste período que vai do século XVI até nossos dias, a Igreja enfrentou a Reforma Protestante e realizou o Concilio de Trento (1545-1563) começou a evangelização da América, da Ásia e África. Foram séculos de grandes santos doutores, missionários e fundadores de Congregações religiosas: São Francisco de Sales, Santa Teresa de Ávila, São João da Cruz, São Carlos Borromeu, São Pedro Canísio, São João Bosco, etc.
A Igreja enfrentou o racionalismo anticristão e as revoluções sanguinárias que mataram milhares de padres e leigos: revolução francesa, russa, espanhola e mexicana; muitos foram os mártires. No século XIX a Igreja perdeu o Estado Pontifíco antigo, realizou o Concilio Vaticano I. No século XX sua grande realização foi o Concilio Vaticano II. Hoje caminha com seu Senhor ressuscitado para implantar na Terra o Seu Reino.